プラグインを更新するたびにカスタマイズがデフォルトに戻るので、
更新したらカスタマイズを忘れずに。

目次を中央に寄せる方法

「table-of-contents-plus/screen.css」から4行目あたりにある
「margin-bottom:1em;」を「margin:1em auto;」に変更する。

行間を広くする方法

「table-of-contents-plus/screen.css」から1行目あたりにある
「#toc_container ul,#toc_container li{margin:0;padding:0}」を

「#toc_container ul,#toc_container li{margin:1;padding:0}」にすると良い。